技术背景 GPU加速是现代工业各种场景中非常常用的一种技术，这得益于GPU计算的高度并行化。在Python中存在有多种GPU并行优化的解决方案，包括之前的博客中提到的cupy、pycuda和numb ...

技术背景 增强采样（Enhanced Sampling）是一种在分子动力学模拟中常用的技术，其作用是帮助我们更加快速的在时间轴上找到尽可能多的体系结构及其对应的能量。比如一个氢气的燃烧反应，在中间过 ...

技术背景 VMD是分子动力学模拟领域常用的一款可视化软件，可以非常直观方便的展示分子的运动过程。而VMD本身对展现的格式有一定的要求，如果不是常见的rst等类型的坐标文件的话，就需要自己手动去实现一 ...

技术背景 周期性边界是分子动力学模拟中常用的一种技术手段，不仅可以完整的概述完整的分子体系的特性，在一部分场景下还可以提升计算的效率，从作用上来看更像是一类的近似模型（假设有一个原子逃出这个周期性边 ...

技术背景 在数学和物理学领域，总是充满了各种连续的函数模型。而当我们用现代计算机的技术去处理这些问题的时候，事实上是无法直接处理连续模型的，绝大多数的情况下都要转化成一个离散的模型再进行数值的计算。 ...